Богословија Светог Јована Златоустог у Крагујевцу основана је иницијативом епископа шумадијског др Саве Вуковића, који је Шумадијском епархијом, као њен други епископ, управљао од 1977. до 2001. године. На његов предлог, Свети архијерејски сабор Српске православне Цркве саглашава се да од школске 1997. године почне са радом у Шумадијској епархији Одељење Богословије Светог Саве у Београду, које је у том статусу било до 2000. године.
У наше дане стигле су од најмеродавнијих личности црквене просвете потврде да је владика Сава био најпосвећенији од свих својих црквених савременика бризи за богословско школовање. Тако епископ новосадски и бачки Господин др Иринеј, декан Православног богословског факултета Универзитета у Београду, подсећајући на заслуге блаженопочившег епископа Саве на свим пољима црквеног образовања, а нарочито у настајању крагујевачке Богословије, о школској слави 2007. године, каже: „Зато се ја радујем што се ова Богословија, ово училиште труди да буде унутар тока вечног и непресушног и животворног Предања православне Цркве и да не буде нека врста стерилне, схоластичке школе као на хришћанском Западу, него да буде жива, мала Црква у оквирима Саборне и Католичанске Цркве Христове са свим њеним атрибутима и свим њеним Богочовечанским садржајима – правом вером, истинским слављењем Бога и истинским етосом, животом и пуноћом благодати о којој говори Христос објављујући у данашњем Јеванђељу да је дошао да донесе живот, и то у изобиљу, изобиљу које ми никада не можемо докучити и које представља реални живот Цркве у времену, као увод у вечни живот који је још несанативији и још необухватнији него што нам је овде доступан“.
А професор др Ненад С. Милошевић, пишући о владици Сави у оквиру пројекта о резултатима српске теологије у XX веку, истиче: „Свестан застарелости наставног програма и система образовања у нашим богословским заводима дао је пресудан допринос њиховој реформи и унапређењу. Тим поводом издејствовао је оснивање нове Богословије у Крагујевцу, која је под његовим патронатом требало да буде пробна школа за примену оног програма у чијем креирању је и сам учествовао.“
Протојереј ставрофор професор др Зоран Крстић, ректор Богословије Светог Јована Златоустог од њеног осамостаљивања (2000. године) и професор на катедри за Црквено право Православног богословског факултета у Београду, објашњава у једном разговору да је блаженопочивши владика Сава шумадијски желео да богословије прерасту у шесторазредну школу, односно да прве четири године деца уче у постојећим богословијама, а да завршне две године школовања буду у Београду и на тај начин стекну диплому више школе. Мада тај принцип није формално остварен, чини се да садашње постојање практичног академског (трогодишњег) смера на београдском факултету није далеко од модела који је замишљао владика Сава.
Овакве оцене су разумљиве, јер је и сам чин утемељења ове Богословије био благословен, како сведоче хроничари. Првог радног дана Одељења београдске Богословије Светог Саве у Грошници код Крагујевца, 9. септембра 1997. године, након одслужене Литургије, владика Сава је рекао: „У години када Шумадијска епархија слави педесетогодишњицу постојања, Бог ју је благословио великим даром, биће у њој отворена шеста по реду средња богословска школа Српске Цркве. Велика је наша радост на овоме дару и овоме дану.“
Новоуписаним ученицима најмлађег богословског училишта Српске Цркве поруку и поуку која обавезује упутио је изасланик Светог аргијерејског синода СПЦ, епископ пожаревачки и браничевски Господин др Игнатије: „Господ вас је изабрао и пошли сте на пут спасења, који је пут узак, са многим тешкоћама, али који на крају води ка Царству небеском, Царству Божијем. Богословска школа није као свака друга школа. Ви сте већ чланови Цркве, а овде треба да се спремите да будете посебни служитељи Цркве, да будете свештеници који ће у име Господње престојавати народу на Литургијском сабрању и одвести га у спасење. Зато немојте схватити знање које овде сакупите као пуко, вербално знање, које ће проћи кроз вас. Овде треба да се научите да будете служитељи Цркве и људи. Научено треба да буде ваше лично назидање. Тим знањем ви ћете тумачити све оно што је Црква до сада чинила и све оно што је Господ наш учинио нас ради и спасења нашега ради. Теологија није ништа друго него објашњење онога што се живи и што се чини. Да био били теолози и богослови, морате познавати живот, јер њега објашњавате.“
Ако су зидови Града овако добро утврђени, ваљано ће их назиђивати и настављачи богоугодног дела. О томе, како се у крагујевачкој Богословији спроводи црквено образовање, са благословом и под духовним надзором епископа шумадијског Господина Јована Младеновића, настављача дела епископа Саве, сведочи ректор професор др Зоран Крстић: „Богословија није и не би смела да буде само образовна, академска установа, она мора да живи и као црквена заједница. Због тога се трудимо да деца из Богословије понесу прва, по могућству позитивна искуства о Цркви. Да ту добију модел и узор који ће имати за цео живот: како треба да изгледа Црква, како у њој треба да се служи, како треба да живи Црква и слично. Мислим да је то веома битно, јер на тај начин они могу да провере оно што сазнају на часовима, то јест да је наша вера сагласна Евхаристији коју приносимо и да Евхаристија потврђује нашу веру. При таквом стању ствари однос професора и ученика надилази уобичајену супротстављеност и претвара се у братски однос, али у коме, наравно, нема замена позиција. Отупљују се, колико је год то могуће, оштрице супротстављених табора, и сви заједно, на црквени начин, учествујемо у хришћанском узрастању сваког ђака.“
Поред тешкоћа црквене природе, заживљавање Богословије у Крагујевцу пратиле су још веће недаће у обезбеђивању школског простора и материјалних средстава за издржавање ученика. Како није био остварљив план да се школа отвори у конаку манастира Јошанице код Јагодине, прибегло се њеном смештању у задружни дом села Грошнице недалеко од Крагујевца. Времена су била таква, да су и за обезбеђивање минималних услова за рад и смештај, били неопходни и разумевање и помоћ града Крагујевца (нарочито градоначелника Верољуба Стевановића) и мештана Грошнице. Неизмерни су труд и одрицање свештенства Шумадијске епархије, које је све до осамостаљивања школе, прузело обавезу да подмирује све трошкове рада Богословије.
Имајући у виду да се владика Сава увек озбиљно старао о образовању свештеника, није било великих проблема да се ангажују одговарајући наставници и васпитачи. Ове обавезе прихватили су најпре крагујевачки свештеници међу којима је увек био знатан број високообразованих и тек са факултета пристигли дипломирани теолози – лаици. Професорску матицу чинио је срећан спој старијих и искуснијих и у претежном броју млађих наставника. Ни њихова одрицања нису била занемрљива јер је требало ускладити друге црквене обавезе са професорским и то без одговарајуће накнаде.
Ако су се почетне препреке некима учиниле непремостивим, старији су их подсећали да је у историји наше Цркве увек у сличним приликама било још теже. Крагујевац је за то пример, сведочи Радослав Грујић, јер је у њему, катедралном граду обновљене Србије, митрополит Патар Јовановић 1836. године отворио „клирикалну школу“: „Први наставници били су: протосинђел Ликоген Михајловић из Далмације и синђел, потоњи Владика шабачки, Гаврило Поповић из Срема. Ученика је било 26, од којих су 24 била ожењена. Школа је трајала две године, а ученици су се звали клирици. Као и наставници њихови, и ученици су стајали у кнежевом конаку, а половина их се хранила за митрополитовим столом.“ Као и у та херојска, и у ова наша времена, за Цркву ништа мање мирнија, Крагујевац и Шумадија постарали су се, чак и изнад својих могућности, да буду прави домаћини важној школи Српске Цркве.
Ауторитет оснивача и препознатљиви резултати остварени током четворогодишњег постојања као Одељења београдске Богословије Светог Саве, издејствовали су да Свети архијерејски сабор СПЦ, на ванредном новембарском заседању 2000. године, одлучи да школа прерасте у самосталну Богословију Светог Јована Златоустог у Крагујевцу. Свечано проглашење обављено је на празник великог васељенског оца и учитеља Светог Јована, 26. новембра 2000. године у Крагујевцу. Свету Литургију у крагујевачкој Саборној цркви Успења Пресвете Богородице служио је епископ шумадијски др Сава, уз саслужење епископа бихаћко-петровачког Господина Хризостома и епископа пожаревачко-браничевског Господин др Игнатија, изасланика Сабора и патријарха Српске Цркве, као и свих професора свештенослужитеља и ректора осталих богословија. Архијереји су током свечаности упутили учесницима овог сабрања поруке о томе колико је за нашу Цркву и наш народ важна црквена просвета. О предањским аспектима образовања у Цркви и увек актуелним питањима односа вере и знања беседио је протођакон Зоран Крстић, суплент новоосноване крагујевачке Богословије.
На свечаном славском ручку, госте, професоре и ученике поздравио је вршилац дужности ректора Богословије Светог Јована Златоустог протођакон др Драган Протић. Своју наду да ће наша Црква са новом школом добити свештенике достојне светле традиције и спремне да и у XXI веку свој народ воде путевима спасења, изразили су инспектор богословија СПЦ протојереј ставрофор Душан Дачић, ректор призренске Богословије Светих Ћирила и Методија (сада у Нишу) протојереј ставрофор Милутин Тимотијевић, ректор Богословије Светог архиепископа Арсенија у Сремским Карловцима протојереј ставрофор Душан Петровић и декан Богословског факултета у Београду протонамесник професор др Радован Биговић.
Захвалност Богу и светом Јовану Златоустом на овом дару, као и свима који су помогли стасавању нове Богословије, упутио је епископ шумадијски др Сава, уз архијерејску поуку да се налазимо у времену које можемо разумети само ако науку Господа нашега Исуса Христа буду тумачили и преносили добро образовани свештеници. О томе ће се, по речима владике Саве, старати крагујевачко богословско училиште које за заштитника има светитеља који је светило света, учитељ васељене, земаљски анђео, небески човек, ненадмашни благовесник Вечног Еванђеља Спасовског, проповедник покајања, херувимски молитвеник, свежалостиви милосрдник, христочежњиви подвижник, богонадахнути песник, богомудри философ, стуб и тврђава Цркве.
Упоредо са оснивањем средње богословске школе у Крагујевцу, а у време када су многе несреће сналазиле српски народ (рат у бившим републикама СФРЈ, политичка и економска изолација, војна интервенција НАТО пакта) Шумадијска епархија са својим архијерејом, свештенством и верним народом у матици и расејању, настојала је да организује ефикасну харитативну делатност, старајући се о великом броју унесрећених. Један вид те бриге било је обезбеђивање смештаја за децу која су у Босни и Хрватској остала без родитеља. За њих припреман интернат поред цркве Светог Саве у Крагујевцу, након престанка рата, могао је да буде претворен у одговарајућу зграду за смештај богослова у коју су се они уселили почетком школске 2001/2002. године. Испоставило се да започети објекат (грађен према пројекту угледног крагујевачког архитекте Верољуба Трифуновића) у потпуности одговара савременом схватању црквеног образовања, по коме школски храм има централно место, али и са садржајима који задовољавају интересовања данашњих генерација.
На основу одлуке надлежних црквених органа, школовање у српским православним богословијама траје пет година. Крагујевачка богословија тренутно има пет одељења у којима је распоређено сто три ученика из већине епархија Српске православне цркве. За њих је обезбеђен смештај у двокреветним и четворокреветним собама, као и исхрана.
До 2010. године школовање у крагујевачкој Богословије окончало је девет ученичких генерација. Већина је наставила школовање на високим богословским школама, претежно на Православном богословском факултету Универзитета у Београду. Неки од њих су већ рукуположени за свештенике, док је знатан број анажован на вероучитељким пословима у државним школама.
Школски храм, посвећен Светом Јовану Златоустом, осликан је прилозима верника. Живопис, као и мозаичке фреске на спољним фасадама школске зграде, рад су иконописачке радионице Свети краљ Милутин из Крагујевца.
Ректор Богословије Светог Јована Златоустог у Крагујевцу, од њеног осамостаљивања је протојереј ставрофор др Зоран Крстић. Духовник у Богословији је протојереј Милић Марковић. Школа тренутно има петнаест професора и васпитача.
