Према израженој жељи, митрополит Јован сахрањен је у крипти Саборног храма. Његовој Светости, првојерарху Српске Цркве, саслуживали су Митрополит црногорско-приморски г. Амфилохије и Преосвећена Господа Епископи: сремски Василије, бањалучки Јефрем, будимски Лукијан, шумадијски Јован, далматински Фотије - администратор упражњене Епархије загребачко-љубљанске, бихаћко-петровачки Атанасије, горњокарловачки Герасим, као и високопреподобни архимандрити Гаврило из манастира Лепавине и Михајло из манастира Гомирје, и други свештенослужитељи, а у присуству свештенства, монаштва и вјерног народа. Литургији и молитвеном испраћају такођер су присуствовали умировљени Епископ зворничко-тузлански г. Василије и Епископ јегарски г. Порфирије, предсједник Републике Хрватске г. Иво Јосиповић, предсједник Сабора Републике Хрватске г. Јосип Леко, изасланик предсједника Републике Србије др Милета Радојевић, изасланик предсједника Владе Републике Хрватске г. Мирандо Мрсић, кардинал г. Јосип Бозанић са високом пратњом, апостолски нунциј у Хрватској г. Алесандро Дерико са пратњом, генерални тајник ХБК монс. Енцо Родинис, градоначелник Града Загреба г. Милан Бандић са пратњом, Мевлуди еф. Арслани из Исламске заједнице, директор Комисије за односе са вјерским заједницама г. Шиме Јерчић, представници вјерских заједница у Загребу и Хрватској, предсједник Српског народног вијећа г. Милорад Пуповац, бројни угледни граћани и пријатељи митрополита Јована. У Саборном храму били су Митрополитов старији брат Миливој са супругом. Нешто касније пристигао је и Преосвећени Епископ источноамерички г. Митрофан.

На опелу од новопрестављеног митрополита Јована бесједом се опростио Његова Светост Архиепископ пећки, Митрополит београдско-карловачки и Патријарх српски г. Иринеј.

У име свештенства, монаштва и вјерног народа од митрополита Јована опростио се високопреподобни архимандрит Гаврило који је истакао Митрополитову љубав, добра дјела и поуке којима нас је поучавао. Истакао је да је уз Митрополита тридесет година, да је посебну пажњу увијек посвећивао манастиру Лепавини. Одлазио се и враћао у манастир. Увјерени смо да је од од данас, у близини Васкрслог Христа, увијек уз нас.

У дворани Музеја Српске Православне Цркве Епархије загребачко-љубљанске, који се налази поред Саборног храма, припремљено је послужење што је дало прилику да се пригодним обраћањима присјетимо вјере, дјела и Христовог пута којим је блаженоупокојени митрополит Јован корачао имајући разумјевање и љубав према свима. Његова Светост овом приликом је рекао: - Митрополит Јован ће нам много недостајати у нашем садашњем животу, али се надамо да Господ брине о свему, па ће се побринути да Митрополит добије достојног насљедника своје мисије, своје катедре и да ће ова Епархија, као и цела Црква, чинити оно што јој је Господ оставио да чини и оно што је неопходно свима нама данас. Митрополит је био човек љубави, а такав човек нам је потребан, не само овде него и свугде. Многи проблеми не решавају се мржњом. Ватра се не гаси ватром. Проблеми се рјешавају љубављу и договором. И у нашем практичном животу увек завршавамо договором. То значи да је тако могло и у почетку. Многе патње би биле спречене и многе несреће се не би десиле. Потребно је разговарати отворено и људски. Митрополит је био тај човек, а такав нам треба и овде и на сваком месту. Хвала Вам што сте данас својим присуством утешили нашу тугу. Нека Вам се Господ одужи у другоме и као што каже наш народ „да се сусрећемо у радоснијем тренутку“. Но, и ово је од Бога. Тако треба прихватити и ово треба разумети. Нека Господ упокоји душу нашег драгог митрополита Јована.

Потом се обратио узорити кардинал Јосип Бозанић, надбискуп загребачки ријечима: - Ваша Светости, драга сабраћо у епископској служби, свештеници, драга браћо и сестре данас сам био на Литургији у Саборној цркви у повлаштеном положају. Наиме, често пута према служби, богослужење морам водити што захтјева концентрацију на сами ток Литургије, а данас сам настојао бити присутан по молитви и по заједништву. Осјећао сам да то што се говори и благовијести у Јеванђељу, како се моли, да је то наше заједништво. Чини ми се да је то много веће и много јаче од онога у чему се разликујемо. Премда са тугом у срцу, због губитка драгог пријатеља, радо сам дошао на овај догађај из поштовања према покојном митрополиту Јовану у коме сам увијек цијенио једну мирноћу, у чијој сам личности увијек проналазио разборитог човјека и архипастира. Због тога ће нам много недостајати, али вјерујемо да Бог зна што чини и свјетло које је оставио оно ће свјетлити нама који остајемо иза њега. За вријеме молитвене осмине, крајем јануара мјесеца ове године, смо били заједно у Саборној цркви и у загребачкој катедрали то су били наши посљедњи сусрети. Истовремено, вјерујемо да оно заједништво које смо тада имали сада је још снажније и јаче. Можда је то знак да обе наше Цркве, римокатоличка и православна, пред нашим вјерницима и пред нашим народима, учине један нови напор који би био видљив.

Са благословом Његове Светости потом се обратио Епископ далматински Фотије, администратор упражњене Епархије загребачко-љубљанске рекавши: - Ваша Светости, узорити господине Кардинале, браћо архијереји, часни оци, уважена родбино нашег Митрополита, драга браћо и сестре, дозволите да и ја кажем неколико ријечи својих утисака. Наиме, ових дана сам био овдје у Загребу гдје сам по благослову Светог Архијерејског Синода и Његове Светости одређен да будем администратор, мјестобљуститељ ове Епархије док не буде биран Митрополит. Био сам овдје са нашим свештеницима који су највише понијели крст и терет овога тренутка. У своје име желим да им захвалим јер су били на нивоу. Ових дана смо читали Јеванђеље и види се да су они били ученици Митрополита, да су знали његову службу и да су га осјећали као свога духовног оца. Ја сам у службеној форми био присутан када је отваран тестамент Митрополитов, чији је текст толико дирљив, као да га је писало малено дете, али у најпозитивнијој форми. То је једна страница руком писана. Блаженопочивши Митрополит га је писао 2005. године. Пре готово 10 година. Тако потресно, са дубоком вером. Управо како су га описали Патријарх и Кардинал; он је био човек суптилан, човек веома осетљив. То се види у том писму. Каже да све што има оставља Епархији и жели да буде сахрањен у Саборној цркви Преображења Господњег где је крипта припремљена. Жели да опрости свима и тражи од свих опроштај. Ми, људи смо престроги једни према другима. Човек је велик јер је икона Божја, али је човек истовремено и слаб. Вапи за помоћ другога. Треба му Бог, Божја рука, али му треба и ближњи. Треба му непрестано. Ми смо склони да судимо и пресуђујемо једни другима. То је трагедија нашега времена. Ово задужење које сам добио прихватио сам као благослов, како ће бити воља Божја то не знам, али би требало наставити онако како је Митрополит почео. Нешто сам приметио служећи Пређеосвећену Литургију у петак и данас када сам причешћивао. Нико не приступа светој тајни причешћа. Из овога стања уређености треба да пређемо у стање живе литургијске заједнице. То је оно што је мој први утисак. Живимо са Христом. Морамо да направимо тај корак. Јуче су била дјеца из наше православне гимназије, и да Митрополит ништа друго није учинио осим изградње ове наше гимназије, велико је дело учинио. А пуно тога је учинио, у мучеништву, у распеђу Митрополије. Он је наследио свештеномученика ове Митрополије. Потребно ће бити стварати живу литургијску заједницу, да се ови људи спасавају, да се препороде, да се охристове. Имамо радити и на јединству Цркве, што је Кардинал напоменуо, а то можемо само ако смо Христолики људи, ако људи виде у нама Христа тј. не да говоримо теоријски, него да људи виде живога Христа у нама. То је Црква. Таквом човеку, пуном љубави, сви ће приступати јер љубав обухвата све. Друга су ствар наши теолошки дијалози и наша мука, то мора да иде својим током, али нас нико не разрешава тајне љубави. То нико не може да нас разреши јер то и јесте наше Јеванђеље: По томе ће Вас познати да сте ученици моји ако имате љубави међу собом. Не може нико никоме рећи да га мрзи, из овог или оног разлога. Тиме разрешава Јеванђеље. Тиме не ради по Јеванђељу. Тиме узима нешто људско, а не дела по Јеванђељу Христовом. Нешто што је лакше, што је земаљско, али није Христово. Љубав према другоме непрестано нас распиње. Волимо другога! Чак и када то не заслужује. Колико пута да му праштамо? Не једном, него седамдесет пута седам. Непрестано. То је наше распињање. То је наше учење које морамо да оприсутњујемо у заједници са свима људима. Данас је био један достојанствен скуп, ако тако можемо рећи за сахрану. Много људи. Међу њима Предсједник државе и Сабора, Градоначелник, Кардинал, папски Нунциј и бројни други. Јуче нас је посјетио Премијер. Зашто? Зато што је то Митрополит заслужио својим делом. Он није био човек прек и искључив. Зато смо сви налазили могућност да му приступимо, да будемо са њим и да нас он поучи. По речима Патријарха, такви нам људи требају на сваком месту. Свако место је Божје и место распећа. Требамо се борити и сведочити Васкрсење, да овде није крај, већ је гроб само, пасха - прелазак у вечни и бољи живот. Нека Бог упокоји нашег Митрополита и да сви ми заједно његово дело као аманет наставимо. Бог да му душу прости.

У име Предсједника Републике Србије г. Томислава Николића обратио се његов изасланик др Милета Радојевић: - Ваша Светости, Узоритости, Ваше Високопреосвештенство и Ваша Преосвештенства, часни оци, поштовани представници Града Загреба и Републике Хрватске, драга браћо и сестре мени је част што данас могу у име Предсједника Републике Србије г. Томислава Николића представницима Српске Православне Цркве да пренесем изразе жаљења за губитак који је наша Црква имала ових дана одласком митрополита Јована. Велики је то губитак за Цркву и за српски народ уопште, а посебно за заједницу српског народа у Републици Хрватској. Какав је Митрополит био најбоље је описао наш Патријарх рекавши да је он био човек љубави и то је он показао на делу. Ја сам то успео да видим уназад месец дана када сам био у посети код Митрополита. Са којом је он смиреношћу и мудрошћу живео и радио, да из оних тешких времена која смо сви прошли, сви народи бивше земље, поново оживи и васпостави Цркву, да изгради Српску православну гимназију у сарадњи и уз помоћ државе Хравтске и Града Загреба. Да није био такав какав је био, човек љубави, вероватно тога не би ни било. Нека би Бог дао да на место Митрополита у наредном периоду дође личност попут митрополита Јована која ће наставити да гради добре односе, да унапрећује сарадњу, како међу народима тако и сарадњу међу државама, а на добро Цркве, народа и државе. Нити једна служба и дужност Митрополиту нису од Цркве били поверени случајно већ због тога што је био велики човек, човек великог срца и љубави за свој народ и своју Цркву. Нека му је вечна слава и хвала!

Своје сјећање на блаженопочившег Митрополита изразио је предсједник Српског народног вијећа проф. др Милорад Пуповац: - Ваша Светости, Кардинале, архијереји и часни оци, уважена Господо ја ћу заувијек памтити тренутак када је митрополит Јован након година избјеглиштва дошао у Загреб и ушао у Преображенску цркву. Народ који га је чекао, чекао је неколико сати. Није могао ући у цркву колика је била радост тога народа приликом доласка. То је за мене, који сам био присутан, био први знак огромне везаности српског народа у Загребу и Хрватској са њим и његовим послањем на мјесту Митрополита загребачко-љубљанског. Он је то послање носио на најбољи могући начин. У околностима које нису биле нимало лаке ни за кога. Прометнуо се од некога који је са радошћу дочекан у некога ко је постао обновитељ Цркве, обновитељ заједнице и обновитељ вјере. Обновио је манастир Лепавину за коју је био посебно везан. Обновио је манастир Свете Петке, Преображенску цркву и ово сједиште и здање, а оно што је најважније обновио је свештенство. Ми који се на други начин бавимо нашом заједницом и њеним положајем у Републици Хрватској видимо колико је успјешно бирао и колико је успјешно подигао то свештенство. Исто тако, обновио је дијалог са свим вјерским заједницама, прије свега са католичком црквом. Обновио је то на ненаметљив начин. Као што је и иначе радио већину ствари, на ненаметљив начин. Много тога ми нисмо нити видјели нити знали, али смо му захвални што је тај дијалог водио што га је градио и што га је чувао. То је највеће насљеђе које смо ми могли насљедити од митрополита Јована. Јачајмо у том дијалогу и себе и друге, у јеванђелском духу и порукама благе вијести, које су нажалост, у времнима прије његовог повратка биле под великом кушњом. На нама је да учинимо све да овај град, ову земљу наставимо градити у духу његових обновитељских напора.

Извор: Митрополија загребачко-љубљанска